Amenazas
- Deforestación. Aunque a la fecha prácticamente se ha erradicado la tala clandestina a gran escala en la zona núcleo de la Reserva, sigue existiendo tala hormiga.
- Manejo forestal inadecuado. Esta actividad, que por la vocación de la región es de suma importancia, ha tenido un impacto negativo en los bosques, mientras que los beneficios económicos para los dueños han sido limitados.
- Turismo desorganizado. La región es visitada por más de 150,000 turistas al año, por lo que los ejidos con colonias de hibernación y los prestadores de servicios turísticos necesitan instrumentar planes de negocio que les permitan organizar a los visitantes y obtener ingresos respetando la naturaleza.
- Incendios forestales. Se deben al mal manejo del fuego y a la presencia de material combustible (madera seca).
- Limitada coordinación intersectorial. Se requiere fortalecer la planeación e inversión en la región.

Comparativa que muestra la deforestación en el ejido Crescencio Morales, Michoacán.