WWF sentó un precedente en la conservación de la mariposa Monarca en 2004, al iniciar el monitoreo sistemático y científico de las colonias de hibernación en coordinación con la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP). Este ha sido uno de los esfuerzos de monitoreo más duraderos en el país. 

A través del monitoreo ha sido posible evaluar cambios en la abundancia de la población migratoria. Hasta el momento se tienen documentadas 23 colonias (nombre de la propiedad agraria en la que se establecen las mariposas) en 13 santuarios de hibernación (nombre de la montaña dado por los habitantes locales). 

Desde 2003 WWF realiza el monitoreo científico de los cambios en la cobertura forestal en la zona núcleo de la Reserva de la Biosfera Mariposa Monarca (RBMM) para determinar el alcance y las causas de la degradación forestal: tala ilegal, incendios forestales y sobrepastoreo, plagas de insectos y eventos climáticos extremos. 

Los resultados se han utilizado durante 20 años para apoyar al “Fondo Monarca”, una estrategia de incentivos económicos para la conservación de ejidos y comunidades indígenas que poseen bosques en la zona núcleo.