Amenazas
- La sobreexplotación de las cuencas hidrológicas superficiales y subterráneas.
- 150% de sobreexplotación de fuentes de agua superficial y subterránea en 19 cuencas hidrológicas del estado de Chihuahua.
- 14 de 61 acuíferos del estado de Chihuahua sobreexplotados por la alta presión del bombeo agrícola y el desarrollo urbano.
- El acelerado cambio de uso de suelo a partir de la década de 1970 ha tenido un alto impacto en el ciclo hidrológico, fragmentado los ecosistemas, con la consecuente pérdida de biodiversidad:
- Incrementos en la superficie agrícola (21.7% = 500,000 ha), los asentamientos humanos (1,146% = 143,824), los cuerpos de agua (106.9% = 47,000 ha), los matorrales (2.1% = 576,000 ha) y el suelo desnudo (14.3%).
- Pérdida de las superficies de áreas ribereñas (33.7% = 42,561 ha), bosques (3.9% = 28,861 ha) y pastizales (11.5% = 1´291,153 ha).
- La invasión de especies exóticas, como el cedro salado (Tamarix ramossisima) y el carrizo (Arundo donax) representa la pérdida de grandes volúmenes de agua y la reducción de espacios para la fauna, además de la acumulación de sedimentos y la consecuente modificación de cauces, lo que provoca inundaciones a comunidades ribereñas.
- Cacería y comercio ilegal de plantas - principalmente cactáceas - y vertebrados.
- Políticas inadecuadas e ineficiente aplicación de las leyes que crean incentivos perversos para la agricultura y la extracción de agua.
- Como consecuencia se han visto afectadas más de 50 especies de flora silvestre (Royo y Melgoza, 2005), enlistadas en alguna categoría de riesgo en la NOM-059 (SEMARNAT, 2010).

El comercio ilegal de cactáceas es una amenaza grave para la conservación de la flora endémica.

La agricultura, mal regulada, puede causar graves daños en los ecosistemas y está íntimamente ligada al delicado tema del agua.