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A partir de 2002, la garantía de continuidad y transparencia de los pagos hacia los predios, así como el cumplimiento de los compromisos de este esquema de conservación, se dan mediante un fideicomiso. El contrato de este fideicomiso es muy particular, ya que los ejidos, comunidades y pequeños propietarios que lo firmaron, junto con el FMCN y WWF, son fideicomitentes (“socios”). De esta forma, los propietarios se comprometen a preservar el bosque, no extrayendo árboles de la zona núcleo y realizando trabajos de conservación, y las organizaciones no gubernamentales garantizan los recursos para realizar los pagos programados.

Las decisiones sobre los pagos se realizan mediante el Comité Técnico del fideicomiso, que se compone de 18 miembros, entre ellos seis representantes de los predios. Dos veces al año este grupo se reúne para revisar los resultados del monitoreo forestal y las actividades de conservación, así como el reporte que el Director de la Reserva presenta sobre el cumplimiento de los compromisos de conservación. Con esta información se autorizan o cancelan los apoyos económicos a los predios.

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Fondo Monarca tiene incluido un procedimiento para la resolución de conflictos. Se trata de un Comité de Vigilancia, formado por especialistas externos al proyecto, que revisa los casos de inconformidad presentados por los propietarios ante la cancelación de un pago o las decisiones del Comité Técnico.